日本の主要宗派：総本山・大本山（えんこうだいし）法然上人二十五霊場
●奈良仏教（南都六宗）
●天台系 ●真言系（密教） ＊遺跡本山（弘法大師ゆかりの地）
- 高野山真言宗：総本山 金剛峯寺（高野山）
大本山：寳壽院（和歌山県伊都郡）
遺跡本山：観心寺（大阪府河内長野市）
遺跡本山：神護寺（京都市右京区）
準別格本山：歓喜院（埼玉県熊谷市） - 東寺真言宗（真言宗東寺派）：総本山 東寺（教王護国寺）
別格本山：正法寺（京都市西京区） - 真言宗醍醐派：総本山 醍醐寺（京都）
- 真言宗御室派：総本山 仁和寺（京都）
大本山：金剛寺（大阪府河内長野市）
大本山：大聖院（広島県廿日市市） - 真言宗大覚寺派：大本山 大覚寺（京都）
準大本山：大山寺（神奈川県伊勢原市） - 真言宗善通寺派：総本山 善通寺（香川）・大本山 随心院（京都）
大本山：随心院（京都市山科区） - 真言宗山階派 : 大本山 勧修寺（京都市山科区）
- 真言宗泉涌寺派 : 総本山 泉涌寺（京都市東山区）
- 真言宗豊山派：総本山 長谷寺（奈良）・
大本山：護国寺（東京都文京区） - 真言宗智山派：総本山 智積院（京都）
大本山：平間寺（川崎大師）（神奈川県川崎市）
大本山：高尾山薬王院（東京都八王子市）
大本山：成田山新勝寺（千葉県成田市）
別格本山：金剛寺（東京都日野市）
別格本山：真福寺寶生院（大須観音）（名古屋市） - 新義真言宗 : 総本山 根来寺（和歌山県岩出市）
- 真言宗須磨寺派 : 大本山 須磨寺（福祥寺）（神戸市須磨区）
- 信貴山真言宗 : 総本山 朝護孫子寺（奈良県生駒郡平群町）
- 真言三宝宗 : 大本山 清荒神清澄寺（兵庫県宝塚市）
- 真言宗中山寺派 : 大本山 中山寺（兵庫県宝塚市）
- 真言宗霊雲寺派 : 総本山 霊雲寺（東京都文京区）
- 真言宗室生寺派 : 大本山 室生寺（奈良県宇陀市）
- 真言宗国分寺派 : 大本山 国分寺（大阪府大阪市）
- 真言律宗 : 総本山 西大寺（奈良市）
大本山：宝山寺（奈良県生駒市） - 救世観音宗 : 総本山 紀三井寺（和歌山県和歌山市）
- 浄土宗：総本山 知恩院（京都）
大本山・七大本山：増上寺（東京）、光明寺（鎌倉）、金戒光明寺（京都市左京区）、百萬遍知恩寺（ 京都市左京区）、誓願寺（京都市中京区）、善導寺（ 福岡県久留米市） - 浄土宗西山系
西山浄土宗：総本山 光明寺（長岡京）
西山深草派：総本山 誓願寺（京都）
西山禅林寺派：総本山 禅林寺（永観堂） - 浄土真宗（真宗）
浄土真宗本願寺派（西本願寺）：本山 西本願寺（京都）
真宗大谷派（東本願寺）：本山 東本願寺（京都）
真宗高田派：本山 専修寺（三重）
浄土真宗東本願寺派 :本山 東本願寺（東京本願寺）（東京都台東区）
真宗佛光寺派 : 本山 佛光寺（京都市下京区）
真宗興正派 : 本山 興正寺（京都市下京区）
真宗木辺派 : 本山 錦織寺（滋賀県野洲市）
真宗出雲路派 : 本山 毫摂寺（福井県越前市）
真宗誠照寺派 : 本山 誠照寺（福井県鯖江市）
真宗三門徒派 : 本山 専照寺（福井県福井市）
真宗山元派 : 本山 證誠寺（福井県鯖江市）
- 臨済宗（14派）
妙心寺派：大本山 妙心寺（京都） 別格本山：平林寺（埼玉県新座市）
建仁寺派：大本山 建仁寺（京都）
建長寺派：大本山 建長寺（鎌倉）
天龍寺派：大本山 天龍寺（京都）
円覚寺派 : 大本山 円覚寺（神奈川県鎌倉市）
南禅寺派 : 大本山 南禅寺（京都市左京区）
東福寺派 : 大本山 東福寺（京都市東山区）
方広寺派 : 大本山 方広寺（浜松市浜名区）
永源寺派 : 大本山 永源寺（滋賀県東近江市）
佛通寺派 : 大本山 佛通寺（広島県三原市）
相国寺派 : 大本山 相国寺（京都市上京区）
向嶽寺派 : 大本山 向嶽寺（山梨県甲州市）
大徳寺派 : 大本山 大徳寺（京都市北区）
國泰寺派 : 大本山 国泰寺（富山県高岡市） - 曹洞宗：大本山 永平寺（福井）・總持寺（横浜）
- 黄檗宗：総本山 萬福寺（宇治）
- 日蓮宗：総本山 身延山久遠寺（山梨）
＊大本山（七大本山）: 誕生寺（千葉県鴨川市） 清澄寺（千葉県鴨川市） 法華経寺（千葉県市川市） 北山本門寺（静岡県富士宮市） 池上本門寺（東京都大田区） 妙顕寺（京都市上京区） 本圀寺（京都市山科区）
＊本山（その他）: 鏡忍寺（千葉県鴨川市） 妙本寺（神奈川県鎌倉市） 龍口寺（神奈川県藤沢市） 佛現寺（静岡県伊東市） 実相寺（静岡県富士市） 伊豆実成寺（静岡県伊豆市） 小泉久遠寺（静岡県富士宮市） 妙成寺（北陸本山）（石川県羽咋市） 光勝寺（鎮西本山）（佐賀県小城市）
＊佐渡三本山 :根本寺（新潟県佐渡市） 妙宣寺（新潟県佐渡市） 妙照寺（新潟県佐渡市）
日蓮宗不受不施派 : 祖山 妙覚寺（岡山県岡山市） - 日蓮正宗：総本山 大石寺（富士宮）
本山：下条妙蓮寺（静岡県富士宮市） 本山：定善寺（宮崎県日向市） 本山：讃岐本門寺（香川県三豊市）
日蓮本宗（興門流）: 大本山 要法寺（京都市左京区） - 日興門流（興門流） : 大本山 妙本寺（千葉県鋸南町）
- 法華宗興門流 : 大本山 西山本門寺（静岡県富士宮市）
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